Die Salz- und Staubverschmutzung vergrößert sich noch dadurch, dass der Aralsee in einer großen Luftschneise von West nach Süd liegt. Der Luftstrom nimmt auch Aerosole auf und verteilt sie bis in die höheren Schichten der Stratosphäre, ein Vorgang, der die globale Luftverschmutzung um rund 5 Prozent ansteigen lässt. Aus diesem Grund können Pestizide aus der Aralregion sogar im Blut von Pinguinen der Antarktis nachgewiesen werden. Auch kann man den Aralstaub auf Grönlands Gletschern, in Norwegens Wäldern und in der Mongolischen Wüste finden.
Seit den 1970er Jahren stieg die Zahl der Magen- und Darmerkrankungen sowie die der Krankheiten der Atmungsorgane sprunghaft an. So breiteten sich Typhus, Paratyphus, Hepatitis und Tuberkulose aus. Typhuserkrankungen nahmen teilweise um das 20- bis 30-fache zu. Auch organische Erkrankungen treten gehäuft auf und die Krebserkrankungen nahmen extrem zu. Am schlimmsten betroffen sind Kinder und schwangere Frauen. Die Kindersterblichkeit ist viermal höher als in Russland und in den meisten Regionen stirbt jedes zehnte bis zwölfte Kind vor dem 1. Lebensjahr. Sie wird durch verseuchte Nahrungsmittel und die Aufnahme von hohen Anteilen von Pflanzenschutzmitteln in der Muttermilch begünstigt. Damit ist die Säuglingssterblichkeit vergleichbar mit armen afrikanischen Staaten wie Kamerun, Kenia, Sudan oder Simbabwe. Einher geht dies mit einer wachsenden Zahl von Fehlbildungen und Behinderungen Neugeborener wie zum Beispiel Lippen-Kiefer-Gaumenspalten oder Anenzephalie (angeborenes Fehlen des Gehirns). 30 Prozent der Kindersterblichkeit sind auf akute Darmerkrankungen zurückzuführen. 70 Prozent der Mütter und 96 Prozent der gebärfähigen Frauen leiden aufgrund von Mangelernährung an Anämie. Salzstaub führt bei vielen zu Atemwegs- und Augenerkrankungen.
Nagetiere aus den vertrocknenden Sumpfregionen flohen in die bewohnten Gebiete und übertrugen Erreger, wenn sie sich in Brunnen und Böden aufhielten. Dazu gehören Pest, Cholera und Tularämie. 1989 hatten von zehn Personen mindestens sechs ein Krankheitsbild, ob Kind oder Erwachsener. Man schätzt, dass ungefähr 25 Prozent der Bevölkerung in den Baumwollanbaugebieten geistig retardiert sind. Es wird davon ausgegangen, dass die gesundheitlichen Folgen der Austrocknung des Aralsees vom Ausmaß ähnlich den Folgen des Reaktorunfalls in Tschernobyl sind, jedoch ist die Aufmerksamkeit für den Aralsee in der westlichen Welt sehr gering.
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